液相色谱柱即使样品和流动相已做过前处理，也仍难以完成避免柱子受到污染，因此必须对柱子行清洗。清洗应定期进行，如果在短期内分析许多样品，则以每日清洗一次为宜，至少也应一周一次，防止有太多的杂质在柱上堆积。
反相柱的常规洗涤办法是：分别取甲醇、甲醇-水各20倍柱体积（既对于一根4.6mmX25cm的柱来说，通常是50-60ml，而对于9.4mm内经X50cm的柱来说，通常是500-600ml） ，使之通过柱子。然后用流动相平衡（通常仍用20倍柱体积），柱一般将恢复正常。如果选择性仍和以前不一样，则表明还有其他杂质留在柱子里，这时应考虑更加严格的清洗：先用20倍柱体积的水，再用相同体积0.05mol/L硫酸，后用流动相溶剂。酸洗常能洗下有机溶剂所不能洗下的剩余杂质。在低pH值下做长期（一天或更长）清洗是不适宜的，但50ml洗液以2ml/min的速度清洗25min，一般对健合相没有损害。注意，强碱不能用来清洗任何微粒硅胶柱（不论是健合相还是非健合相），因为硅胶骨架会溶解。对于严重污染的反相柱，只能采用再生的方法。
液相色谱柱的清洗：
1、冲洗系统细节多，尤其注意缓冲盐在开始实验之前，我们需要冲洗并稳定系统，在实验结束之后，我们也需要使用适当的溶剂冲洗并保护系统。
2、置换系统流动相需要冲洗多长时间其实我们很难用时间准确的说明这个问题，因为冲洗时间会受流速和柱体积的影响。
所以这里建议大家用冲洗体积来计算，由于液相系统中的管线和色谱柱都比较细，流速相对比较慢，所以流动相置换的过程是比较慢的，需要5~10倍以上的系统体积才能*置换原有的流动相（并非专业术语，仅做问题举例），所以只用知道系统体积即可。
系统体积包含仪器管线体积和色谱柱体积，比如管线体积是1ml，色谱柱的空余体积是3ml，系统体积就是4ml，用至少5倍的流动相冲洗，也就是需要20ml，10倍体积相当于40ml。有了冲洗体积，结合流速，自然就能计算出到底需要多长时间才能把体系置换好，冲洗干净，比如，流速1ml/min时，大概需要20~40分钟才能*置换系统中原有的流动相。
3、实验结束之后用什么溶剂保护体系溶剂的选择取决于色谱柱的类型，比如反相体系，色谱柱的体系基本为C8、C18类的，甲醇和乙腈是比较合适的溶剂，只是注意乙腈不能长期保存在液相系统中，因为乙腈有聚合的问题；
若是正相体系，比如氨基柱、氰基柱等正相色谱柱，正己烷是比较合适的溶剂，如果是离子交换柱，用水冲洗体系即可。
4、如何冲洗缓冲盐需要格外注意的是，缓冲盐在有机相中是不溶解的，所以千万不能用有机相直接冲洗缓冲盐体系，否则盐颗粒析出会堵塞管线和色谱柱，一定要有过渡。
这里建议分三个阶段冲洗缓冲盐体系：（1）用大比例水，小比例有机相冲洗一段时间，这样可以保证顺利的冲走大部分盐；（2）加大有机相的比例再冲洗一段时间；（3）根据冲洗体积的计算，确保缓冲盐已经*被置换了之后再改为100%的有机相冲洗一段时间。
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